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Parentela

Blog: genetica forense y probabilidad

Familias y mucho más
¿No os acordáis? sen^2 x + cos^2 x = 1 :))))))

Otra mejora más aplicable a Familias!

Software Posted on mar, febrero 11, 2020 19:21:57

Ya os he hablado de Magnus Vigeland (ver https://parentela.familias.name/category/category4/). Pues bien, él ha desarrollado mucho software en R, y ahora Familias puede aprovecharse de ese trabajo!

Thore me ha enviado un ejemplo en el que se demuestra claramente el potencial que tiene combinar Familias y R. Podemos leer en R un archivo de Familias (.fam) con el comando «readFam», y también podemos dibujar los pedigríes definidos en el archivo de Familias con el comando «plotPedList».

Para poder hacerlo primero tenéis que saber dónde debe estar almacenado el archivo .fam para que R lo pueda leer. Para esto sólo tenéis que teclear en R:

getwd()

Y R os responderá dónde tenéis que almacenar el archivo .fam  (también podríais indicar una ruta, pero es más fácil almacenar el archivo en el working directory de R).

Bueno, pues vamos a ver el ejemplo de Thore usando el archivo de familias sibs3.fam que podéis descargar aquí (ya sabéis, teclas Ctrl + S para descargarlo) y que debéis guardar en el working directory.

Ahora tenéis que instalar el paquete de R para aplicaciones forenses  llamado  «forrel». Para instalarlo sólo debéis teclear lo siguiente en Rstudio o en la consola R (se necesita conexión a internet):

install.packages(«forrel»)

La instalación de forrel sólo hay que hacerla una vez.

Ok, ahora ya estamos preparados para el ejemplo. Debéis teclear en R:

library(forrel)
x = readFam(«sibs3.fam», verbose = F)
plotPedList(x, marker = 1, shaded = typedMembers, frametitles = names(x),
                   newdev = T, dev.width = 8)

Y en seguida veréis este resultado:

Maravilloso!! Muy útil para incluir los pedigríes en nuestros informes!!

También podemos calcular directamente los LRs en R si además tecleamos:

kinshipLR(x, ref = 3)

Y obtendremos:

## Total LR:

##  H1:Full  H2:Half H3:Unrel

## 8.333333 2.916667 1.000000

En el comando anterior,  ‘ref = 3’ significa que los LRs están escalados con respecto a H3, es decir os da el LR con  ‘H3:Unrel’ como referencia. Podéis encontrar más documentación y ejemplos si tecleáis:

?kinshipLR

Si decidís usar el working directory, cada vez que queráis usar esta herramienta con otro archivo, solo debéis modificar el nombre del archivo en las líneas de comandos de arriba:

En lugar de x = readFam(«sibs3.fam», verbose = F), debeis escribir x = readFam(«nombre de vuestro archivo.fam«, verbose = F)

O si preferís, en lugar de guardar el archivo .fam en el working directory de R, también podríais indicar la ruta en donde lo tengáis guardado, por ejemplo:

x = readFam(«C:/Users/lourditasmt/Documents/sibs3.fam», verbose = F)

Que rápido se hace y que bonito queda!!

Magnus y Thore, mil gracias, sois genios!!



«Statistical methods in relatedness and pedigree analysis»

Cursos Posted on lun, noviembre 25, 2019 21:35:52

Queridos!

Magnus Dehli Vigeland y Thore Egeland van a impartir el curso
«Statistical methods in relatedness and pedigree analysis»
del 6-10 de enero de 2020 en Oslo (Domus Medica, Univ of Oslo).
¿Qué significa estar emparentado? ¿Hay hermanos más parecidos que otros? ¿Cómo se mide y se estiman las relaciones genéticas? Y lo más importante: ¿El Príncipe Harry está emparentado con Meghan???

Además de estos temas, se tratarán sus aplicaciones a la medicina y la genética forense, incluyendo cálculos y visualizaciones en R.

El curso está organizado por NORBIS,  es abierto para todos, es gratuíto y no se necesitan conocimientos previos para participar (pero se necesita un ordenador con R instalado)

Podéis encontrar información adicional y cómo registraros aquí:

https://norbis.w.uib.no/activities/courses/statistical-methods-in-relatedness-and-pedigree-analysis-2/
Transmitir esta información a quien vosotros queráis!

Saludos a tod@s!!



Versión en español Making Sense for Forensic Genetics

Documentos en Español Posted on sáb, abril 06, 2019 10:25:53

Hola a todo@s!

Ayer presentamos en Madrid la versión en español de la fantástica guía «Making Sense for Forensic Genetics» (https://www.mjusticia.gob.es/cs/Satellite/Portal/es/ministerio/gabinete-comunicacion/noticias-ministerio/secretario-estado-presenta)

Como sabéis, se trata de una guía muy divulgativa enfocada a que los jueces, fiscales y abogados tengan una visión real de lo que puede ofrecer el análisis de ADN con fines forenses. Pero nos parece que también puede ser válida para estudiantes y personas que están interesadas en el tema.

Quiero agradecer a nuestros queridos Ángel Carracedo y Antonio Alonso todo su perfecto trabajo en la adaptación y presentación de esta guía. Peter Schneider también estuvo muy pendiente de que este proyecto saliera adelante. Gracias a nuestra prestigiosa sociedad, ISFG, la versión española es hoy una realidad pues ha financiado su edición.

Podéis descargaros la guía en este link:
https://senseaboutscience.org/activities/forensicgenetics_spain/

Os ruego que le deis la mayor difusión posible.
Disfrutarla mucho!!
Abrazos!



CICR curso en Mexico

Cursos Posted on mar, abril 02, 2019 17:18:50

Querid@s!

Hace un par de semanas tuve la oportunidad de viajar a México a dar un curso con Thore sobre Familias. Esta vez hasta tuvimos tiempo de pasear un poco por las pirámides, ir a la Plaza Garibaldi a escuchar unos mariachis y disfrutar de las cervezas micheladas.
Pero no os escribo para daros envidia… sino para poneros el link del curso en el que podréis descargar las charlas, por si estuvierais interesados:
http://www.familias.name/Courses.html

Esta vez hemos dedicado bastante tiempo al módulo DVI de Familias. Tiene herramientas muy útiles, algunas de las cuales ya hemos visto en este blog, como las simulaciones (http://parentela.familias.name/#category4). Pero además podréis ver cómo hacer la re-asociación de muestras Post-Mortem, chequear si los pedigríes tienen inconsistencias, dibujar los pedigríes… en fin, esperamos que os sea muy útil!!

Olga Barragán, del Comité Internacional de la Cruz Roja, fue quien organizó el curso, con su fantástico equipo. Y también nos paseó!
La gente en México, encantadora, como siempre!!
Que viva a México!!



Recomendaciones FIDE-GARRIGUES

Documentos en Español Posted on jue, marzo 21, 2019 20:12:44

Mis querid@s!!

Un post corto para informaros de que justo esta semana en España hemos sacado un documento sobre recomendaciones para el uso forense del ADN. Son sólo cuatro páginas de recomendaciones que creemos necesarias.
Estamos difundiendo estas recomendaciones a jueces, fiscales, abogados, legisladores, genetistas, policía y a cualquier persona que pueda estar interesada en el tema.
No sé si os puede ser útil para algo, pero por si acaso, aquí os pongo el link del lanzamiento. Podéis descargar el documento desde ahí:
https://www.fidefundacion.es/GT-ADN-el-valor-de-las-pruebas-forenses-y-de-los-limites-de-su-uso_a815.html

Las Fundaciones Fide y Garrigues nos han ayudado con la difusión.
Muchos abrazos para tod@s!!



Milagros y genealogía

Casos Posted on mar, octubre 02, 2018 11:15:21

Hola a Tod@s!!

Para retomar la actividad después de las vacaciones y unos
cuantos viajes hoy os propongo echar un vistazo a un par de noticias que para
mí han sido impactantes.

La
primera de ellas tiene que ver con la localización de un cadáver en Chipre. Como
muchos sabéis, a mediados del siglo XX (1963-1964 y 1974) se generó un
conflicto allí entre turco-chipriotas y greco-chipriotas. Como resultado el
país ha quedado dividido en dos partes y es bastante impactante atravesar el
único muro que queda dentro de Europa y que separa la República Turco-chipriota
(no reconocida como país, excepto por Turquía) y la greco-chipriota. Pues bien,
el Programa de Naciones Unidas para el Desarrollo (UNDP) está colaborando en la
identificación de las 2003 víctimas del conflicto (http://www.cmp-cyprus.org/).
Y hemos tenido el honor de que la coordinadora forense de tal proyecto de
identificación fuera nuestra querida Yarimar Ruiz, una genetista buenísima que
se formó en el Laboratorio de Ángel Carracedo (cómo no!!).

Bueno, a lo que iba, que me despisto. Recientemente se ha
localizado uno de los cadáveres gracias a que un científico localizó una
higuera en una zona donde no era habitual ver este tipo de árbol. Al extrañarse
por este hallazgo, el científico se acercó al árbol y empezó a inspeccionar su
raíz, encontrando una serie de restos humanos. Los restos han sido
identificados como pertenecientes a una de las víctimas del conflicto, y se
cree que esta persona se alimentó con un higo antes de morir. La semilla del
higo germinó, y creció el árbol!! Os podéis imaginar el significado sentimental
que tendrá ese árbol para sus familiares. Alucinante!! Podéis encontrar el
recorte de prensa aquí:

https://www.mirror.co.uk/news/world-news/murdered-mans-body-found-after-13278205

La segunda
de ellas seguro que muchos de vosotros la conocéis, es el caso del asesino del
Golden State (https://www.univision.com/los-angeles/kmex/noticias/asesinatos/un-sitio-web-genealogico-llevo-a-los-investigadores-hasta-el-asesino-del-golden-state).
Se trata de la detención de Joseph James DeAngelo Jr., de 72 años, sospechoso
de haber cometido varios homicidios y numerosas agresiones sexuales en varias
ciudades de California durante los años 70 y 80. La policía utilizó los
servicios de una compañía on-line que ofrece servicios de genealogía. Se
analizó una de las muestras recolectadas en una de las escenas del delito
(700.000 SNPs). Las propias compañías ofrecen candidatos de quienes pueden ser
tus posibles familiares, de entre los clientes que tienen. Y tras varios
candidatos, eureka! uno de Sacramento, una de las ciudades donde se cometieron
algunos crímenes. Lo demás ya es fácil, una vez tienes a un candidato, sólo
tienes que tomar muestras abandonadas por los familiares de ese candidato y ver
cuál de ellas coincide con el perfil genético anónimo tradicional (nuestros
adorados STRs) detectado en varias escenas. Pero lo más sorprendente de este
caso es que el candidato era un primo tercero de Joseph James DeAngelo Jr.,
según me comentó Thore, quien hizo una búsqueda intensa para obtener
información fiable sobre el caso (Ehrlich et al 2018:
https://www.biorxiv.org/content/early/2018/06/19/350231).

La última semana de agosto tuve la oportunidad de asistir a
un fantástico meeting de matemáticos en Colonia (Alemania) y Thore presentó el
caso allí. Thore coméntanos, ¿tú crees que la policía tuvo mucha suerte en este
caso?

Y seguro que en la mente de muchos queda esta pregunta: ¿es
ético utilizar la información de familiares generada con fines distintos a los
de una investigación criminal? ¿Podemos evitar que se utilice esta nueva
herramienta? Pues me temo que el caso de DeAngelo no es el único… el asesinato
de KRISTY MIRACK también tiene un sospechoso encontrado a través de un familiar
que se realizó una prueba de ADN en una de estas compañías (https://www.debate.com.mx/mundo/crimen-asesinato-maestra-christy-mirack-dj-freez-sospechoso-muerte-20180626-0088.html).

Alucinante!!



workshops GHEP 2018 Inscripción abierta

Cursos Posted on sáb, julio 07, 2018 11:10:02

Hola Chic@s!!

Ya está abierta la inscripción para los workshops que organiza el GHEP en colaboración con la Universidad de Porto!
Estos son los links en español, portugués e inglés:

https://ghep-isfg.org/inscripcion-workshops-oporto-octubre-2018/
https://ghep-isfg.org/pt-pt/inscricao-workshops-porto-outubro-2018/
https://ghep-isfg.org/en/cycle-workshops-porto-october-2018-registration/

Yo ya me he inscrito! Espero que todos vengáis a Porto y nos podamos tomar unos vinitos juntos!

Muchos abrazos en doble hélice para todos!!



workshops GHEP 2018

Cursos Posted on jue, junio 28, 2018 15:59:04

Mis
queridos,

Seguro que
muchos ya lo sabéis, pero para los que aún no os hayáis enterado, el próximo
octubre vamos a tener la oportunidad de disfrutar muchísimo!

António
Amorim, Nádia Pinto, Iva Gomes, Cíntia Alves y Maria João Prata han tenido la
generosidad de ocuparse de organizar varios workshops para el GHEP, con la
colaboración de la Universidad de Porto.

Las fechas
son 25 y 26 de octubre de 2018 y podéis encontrar más información aquí:

https://ghep-isfg.org/ciclo-workshops-porto-octubre-2018/

Pero ya os
adelanto que los workshops son de auténtico lujo!!:

1 Day
Workshop
: “Disaster Victim Identification –
applications and statistics
”, con Thomas Parsons, Zlatan Bajunovic,
Thore Egeland y Nádia Pinto.

1/2 Day
Workshop
: “Non-human forensic genetics”,
con Fernando González-Candelas, Miguel Arenas y Filipe Pereira.

1/2 Day
Workshop
: “RNA Profiling in case-work”,
con Titia Sijen y Iva Gomes.

La
inscripción aún no está abierta, pero pronto lo estará en la página del GHEP.
Os avisaré, por supuesto!

El evento
será en Porto, y para los que no lo conozcáis, os diré que es una ciudad que
enamora! Tiene rincones que son únicos, una gastronomía de lujo y los vinos son
increíbles. No hay país en el mundo que haga un café tan espectacular como lo
hacen en Portugal, así que los somos muy cafeteros pensamos a veces en cometer
la locura de ir a Porto una tarde sólo para tomar un café, aunque tengamos que
recorrer unos cuantos cientos de kilómetros.

Pero sin
duda, lo mejor de todo esto, es el grupo que nos va a acoger (mil gracias António et al.!!!), la calidad científica y
humana de los ponentes (algunos no-Latinos son ya parte del GHEP como
sabéis:)))) y que nos da la oportunidad para vernos una vez más!!

Ya estoy
deseando que llegue octubre!! Ya sabéis que vosotros sois un motor, una
inyección de positividad y una auténtica droga para mi (y ahora tengo una dosis
más!!).



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